TL;DR

以上を元に、404ページであってもnoindexをつける必要はなさそうと判断してよいと思います。

調査内容

404エラーについて誤解されている3つのこと：正しい分析で『伸びしろ』を発掘 | 株式会社プリンシプル

  • 404エラーで検索順位が落ちるわけではない。
  • 一括で修正が可能ならnoindexを入れる処理を行っても良い。

ECサイトで品切れした商品のページをどうすべきか？ 200と301、404のどのHTTPステータスコードを返すのがベスト？ | 海外SEO情報ブログ

  • 404エラーを返すべき。また情報は記載しておくべき。

404やリンク切れ、クロールエラーをツールでチェックして修正する | アレグロのSEOブログ

  • もし404のページを見つけた場合、そのページの情報は24時間の間クロールシステム上で保護します。 　→「24時間」を過ぎてしまうとページの評価に影響が出てしまう可能性あり